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壓力壓差表

PCR擴增產物的克隆

發布日期:2022-04-26 點擊率:101

PCR擴增產物的克隆可以:(1)獲得目的DNA片段;(2)用于原核表達的研究;(3)廣泛應用于分子生物學相關研究。

  • 平端連接法

實驗方法原理

平頭連接是將制備好的平頭載體和補平或削平的PCR產物直接進行連接。載體可用EcoR VSma I切成平頭;PCR產物純化后,可以在22DNA聚合酶I作用30min(利用該酶所具有的3’→5’外切酶活性和5’→3’的聚合酶活性)。

如果要求不高,PCR產物也可不加處理。如果使用Stratagene公司的pfu DNA聚合酶或New England Biolabs公司的Vent DNA聚合酶,這兩種酶有5’→3’校對能力,擴增出來的PCR產物已經是平頭,可以不作平端處理。平端連接的一個顯而易見的缺陷是連接效率低下,即使使用很高單位的連接酶,或在反應體系中加入PEG 8000,也只能很有限地提高效率。

通常情況下,PCR產物可直接與平端載體DNA進行連接,但其連接效率效低。因為Taq DNA聚合酶具有非模板依賴性末端轉移酶活性,能在兩6 DNA鏈的3'末端加上一個多余的堿基,使合成的PCR產物成為3'突出一個堿基的DNA分子。

這種DNA分子的連接效率很低。由于PCR產物的效率通過較高,在采用大量T4 DNA連接酶并配以5-10u T4 RNA連接酶時,可顯著提高其連接效率。

對于較短PCR產物,用PUS19Hinc位點進行克隆,以X-galIPTG篩選,常可得到足量重組子。另一種提高克隆效率的途徑是先用Klenow大片段或T4DNA聚合酶消去3'末端突出堿基將PCR產物變成平端DNA,然后再用平端連接法克隆PCR產物。

實驗材料

模板DNA

試劑、試劑盒

SauIKlenow片段T4連接酶

儀器、耗材

移液器、移液器吸頭、PCR小管、DNA擴增儀、電泳槽、電泳儀、臺式高速離心機

實驗步驟

一、PCR反應

 

1.  依次混勻下列試劑

 

1H2O35 μl

 

210×PCR反應緩沖液:5 μl

 

325 mmol/L MgCl24 μl

 

4 4dNTP4 μl

 

5)上游引物(引物1):0.5 μl

6)下游引物(引物2):0.5 μl

 

7)模板DNA(約1 ng):0.5 μl

 

8)混勻后離心5秒。

 

2.  將混合物在94下加熱5分鐘后冰冷,迅速離心數秒, 使管壁上液滴沉至管底,加入Taq DNA聚合酶(0.5 μl2.5 U),混勻后稍離心,加入一滴礦物油覆蓋于反應混合物上。

 

3.  94變性1分鐘,45退火1分鐘, 72延伸2分鐘, 循環35輪,進行PCR。最后一輪循環結束后, 72下保溫10分鐘,使反應產物擴增充分。

 

二、電泳

 

10 μl擴增產物用1%瓊脂糖凝膠進行電泳分析,檢查反應產物及長度。

 

三、PCR產物的純化

 

擴增的PCR產物如利用T-Vector進行克隆,可直接使用,如用平未端或粘性未端連接,往往需要將產物純化。

 

1.  /fang

 

1)取反應產物加100 μl TE

 

2)加等體積氯fang混勻后用微型離心機10000 rpm離心15秒,用移液器將上層水相吸至新的小管中。這樣抽提一次, 可除去覆蓋在表面的礦物油。

 

3)再用酚:fang:異戊醇抽提二次,每次回收上層水相。

 

4)在水相中加300 μl 95%乙醇,置-2030 min沉淀。

 

5)在小離心機10000 rpm離心10 min,吸凈上清液。加入1 ml 70%乙醇,稍離后,吸凈上清液.重復洗滌沉淀2次。將沉淀溶于7 ml ddH2O 中,待用。

 

2.  Wizard PCR DNA純化系統

 

Wizard PCR DNA純化系統可以快速、有效、可靠地提取PCR擴增液中的DNA,提純后的DNA可用于測序、標記、克隆等。 該系統中含有的試劑和柱子可供50PCR產物的純化,試劑包括:50 ml Wizard PCR DNA純化樹脂、5 ml 直接提取緩沖液、50 Wizard微型柱。

 

1)吸取PCR反應液水相放于1.5 ml eppendorf管中。

 

2)加100 ml直接提取緩沖液,渦旋混勻。

 

3)加1 ml PCR DNA純化樹脂,1分鐘內渦旋混合3次。

 

4)取一次性注射器, 取出注塞,并使注射筒與Wizard微型柱連接,用移液槍將上述混合液加入注射筒中,并用注塞輕推,使混合物進入微型柱。

 

5)將注射器與微型柱分開,取出注塞, 再將注射筒與微型柱相連,加入2 ml 80%異丙醇,對微型柱進行清洗。

 

6)取出微型柱置于eppendorf管中,12 000 g離心20秒,以除去微型柱中的洗液。

 

7)將微型柱放在一個新eppendorf管中,加50 μl TE或水,靜止1分鐘后,12 000 g離心20秒。

 

8)丟棄微型柱,eppendorf管中的溶液即為純化DNA,存放于4-20

 

四、載體加dT

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