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氣相色譜儀或液相色譜儀操作中，當儀器的操作條件保持不變時， 任一物質的色譜峰總是在色譜圖上固定的位置出現， 即有一定的保留值。又包含：死時間，保留時間，校下保留時間，保留體積，等等。

在液相色譜儀中保留值定性的方法主要是用直接與已知標準物對照的方法。當未知峰的保留值（ t' R或V' R）與某一已知標準物完全相同時，則未知峰可能與此已知標準物是同一物質，特別是在改變色譜柱或改變洗脫液的組成時，未知峰的保留值與已知標準物的保留值仍能完全相同，則可以基本上認定未知峰與標準物是同一物質。
    在利用保留值數據進行比對和定性分析時要特別注意到：由于液相色譜柱的填柱技術較復雜，液相色譜儀所使用的色譜柱的重現性目前還很不理想，即使是同一批號的 柱子，重現性也不一致，這就使得使用保留值數據進行分析受到限制。因此，目前保留值數據只能作為定性分析的參考。可以根據這些數據和對樣品的了解來選用已知標準物，再用這些已知標準物與未知物在同一色譜條件下直接進行對比。
    最簡單的保留值定性方法是將已知標準物質加到樣品中去，若使某一峰增高，而且在改變色譜柱或洗脫液的組成后，仍能使這個峰增高，則可基本認定這個峰所代表的組分與已知標準物質為同一物質。

目前一些液相色譜儀儀器配備了三維圖譜檢測器，如二極管陣列檢測器，在進行未知組分與已知標準物質比對時，除了比較保留時間外，還可以比較兩個峰的立體圖 形。如在使用二極管陣列檢測器時，除了比較未知組分與已知標準物質的保留時間外，還可比較兩者的紫外光譜圖，如果保留時間一樣，兩者的紫外光譜圖也完全一 樣，則可基本上認定兩者是同一物質；若保留時間雖一樣，但兩者的紫外光譜圖有較大差別，則兩者不是同一物質。這種利用三維圖譜比較對照的方法大大提高了保 留值比較定性方法的準確性。美國Bio-Rad公司的血藥分析儀（Remeeli）就是依靠三維圖譜的綜合數據的分析來鑒別未知藥物的。