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光學部件的表面落下塵埃極難清除，所以防止塵埃落入鏡筒、物鏡鏡體內部和一切光路管道內部極為重要。為此，顯微鏡操作者必須養成一種生活習慣:隨時注意防塵。例如擰下物鏡時，必須將其旋座向下倒放在干凈的臺面上.或立即裝入物鏡盒中;拔出目鏡的方法請參考，隨手用鏡簡塞或干凈紙帽蓋上鏡簡口;置換顯微照相暗箱、光電倍增器、光欄基座時，隨手蓋好連接口蓋，絕不留下跌入塵埃的空隙;拔出濾光片和插板時，即時堵塞插板孔.一旦發現透鏡、棱鏡和反射鏡等光學表面上有塵埃時，先用洗耳球反復吹拂，直至完全消除塵埃顆粒為止。有些塵粉顆粒仍不脫落時，可用干凈、干操、細軟毛筆掃除干凈。當然這種清除工作是極為麻煩的，特別需要耐心。絕不能用手指或粗布硬性磨擦。

光學具組表面沾污油脂時，既要清洗油污，同時特別注意保護鏡面的光學光潔度。最常要清洗的是油浸物鏡的前透鏡。每次使用此類物鏡完畢時，都要清拭干凈，絕不能叫浸油干涸在物鏡面上。為此最常用的方法是在擦鏡紙上滴一滴純凈二甲苯，放在物鏡前透鏡上輕輕地用手指壓著抽過擦鏡紙一次或幾次.對物鏡前透鏡絕不能用粗布用力擦拭，更不能用手指尖磨擦。粗布纖維和手指角化表皮細胞對于光學表面的損傷程度是非常嚴重的，光學表面磨出一條劃痕就足以干撓成像光束的同心性行程。

在日常工作中往往容易把干燥系物鏡上也沾染鏡油，因此當發現顯微鏡視野不清晰時應該取下物鏡加以檢查。檢查方法并不復雜.首先取下物鏡用手把持物鏡，同時拿目鏡.物鏡的前透鏡向上，目鏡的接目透鏡向下，對準物鏡，在斜射光線下觀察物鏡是否沾污，檢查結果說明油演已清除，但仍有二甲苯揮發后留下的彩紋時，可用柔軟的鹿皮輕輕擦拭。揉制好的皮皮的纖維遠比細綢布纖維柔軟。在日常工作中，常常遇到未經專門訓練的顯微鏡操作者用手指擦拭物鏡或用粗布粗魯地擦拭物鏡，這是絕對不允許的惡習。

反射鏡、聚光鏡和棱鏡鏡面不清潔時，也可用下列配方配制清洗液加以清洗:

甲基醋酸鈉65%
乙醇30 %
二乙基乙醚5%

當擦拭光學元件表面時，特別要注意保持各個光學元件的原有位置、角度。在清理過程中，觸動了某一元件使之偏離光路時，請不要自己整修。